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沃特世蛋白質離子交換色譜柱IEX分離一般通過提高鹽濃度、改變pH或同時提高鹽濃度和改變pH實現，低電荷態的蛋白質分子會比高電荷態的蛋白質分子更早洗脫。根據目標蛋白質類型和分離的pH不同，應選擇陰離子或陽離子交換劑用于分離。此外，梯度持續時間、緩沖液組成和pH、流速以及分離溫度都是分離目標蛋白質的重要影響因素。

沃特世肽分析離子交換色譜柱離子交換色譜基于電荷差異進行肽分離，與傳統的反相色譜相比，更適合需要不同/正交分離機制的分析。通常情況下，采用鹽濃度不斷增加的梯度進行分離，體積較小且所帶電荷較少的肽會在較長的肽片段之前洗脫。與反相肽分離不同，洗脫液的pH會顯著影響分離，因此需要進行方法開發以獲得滿意的色譜結果。

沃特世肽分析反相色譜柱使用離子對試劑（如TFA和甲酸）的反相色譜可以在復雜多肽混合物（例如胰蛋白酶蛋白質酶解物或長鏈合成肽序列，這些肽的序列差異可能僅僅在于個別氨基酸）的分析中實現高效分離。通常，肽的疏水性決定了洗脫順序，疏水性Z小的肽將首先洗脫出來。

沃特世SEC肽分析液相色譜柱體積排阻（又稱凝膠過濾）色譜基于蛋白質在溶液中的體積（流體動力學半徑）而不是分子量對其進行分離，體積較大的物質會在體積較小的肽之前洗脫。這種等度洗脫技術的主要驅動機制基于填充柱中SEC顆粒的孔徑和體積。隨著目標肽的分子量增大，應選擇顆粒孔徑相對較大的SEC色譜柱。與其它生物分離一樣，在要求極為嚴苛的應用中，相較于基于HPLC的色譜柱，使用粒徑更小的UPL

沃特世游離寡糖分析色譜柱：分析由大量相似和重復糖基組成的復雜N-糖和O-糖時，需要采用具有高分辨率的色譜方法。親水作用液相色譜（HILIC）法可使用填充有沃特世酰胺鍵合、亞乙基橋雜化 （BEH）顆粒技術的UPLC、HPLC或UHPLC色譜柱，根據不同的疏水性來分離化合物。

沃特世nanoACQUITY UPLC液相色譜柱：nanoACQUITY UPLC®捕集柱、納升級色譜柱以及毛細管色譜柱是專門為Waters nanoACQUITY UPLC/MS聯用系統設計的。 提供多種不同的色譜柱化學，包括1.7 µm顆粒的BEH，130Å 和300Å C18填料顆粒： 新型的柱過濾片設計保證色譜柱有非常好的使用壽命 *的接口，有效保持良好的分離性能

沃特世ACQUITY UPLC M-Class液相色譜柱：ACQUITY UPLC M-Class色譜柱專為Waters ACQUITY UPLC M-Class系統以及納升級至微升級液相色譜分離而設計。使用經優化的亞2 μm顆粒，提供Z大樣品回收率和Z佳色譜分離度。

沃特世MassPREP在線脫鹽小柱MassPREP微型脫鹽小柱含有聚合物反相填料，適用于質譜分析之前的蛋白樣品脫鹽。這些在線裝置中的苯基相填料能夠成功保留蛋白質，并且在蛋白洗脫液進入質譜前將鹽沖洗到廢液中。采用*的LC/MS方法可使循環時間縮短至4分鐘。